شبیری زنجانی در ١١ اسفند ماه ۱۳۰۶ خورشیدی ( برابر با ٩ رمضان ۱۳۴۶ قمری) در شهر قم به دنیا آمد. وی پس از گذراندن تحصیلات ابتدائی، مقدمات و ادبیات را به پایان رساند
پدرش سید احمد زنجانی سال‌ها در مدرسهٔ فیضیهٔ قم نماز جماعت را برگزار می‌کرد که بسیاری از جمله روح الله خمینی در نمازش شرکت می‌کردند. اکنون سال‌هاست که او به جای پدرش امام جماعت نماز مغرب و عشا در آرامگاه فاطمه معصومه و نماز ظهر و عصر در مدرسه فیضیهٔ قم است.
تحصیلات

او از سید احمد زنجانی (پدرش)، آیت‌الله محقق داماد و آیت‌الله بروجردی، فقه و اصول را فرا گرفت. مطالعات رجالی او زبان‌زد دانشمندان شیعه می‌باشد. شیوه درس خارج فقه او نیز تکیه بر مباحث رجالی، علاوه بر دقت در متن و دلالت روایات است. از جمله روحانیونی که در دوران تحصیل با وی در ارتباط بودند می توان به موسی صدر، سید مهدی روحانی، سید عبدالرحیم هاشمی نسب، علی احمدی میانجی، سید عبدالکریم اردبیلی، سید ابوالفضل میرمحمدی، سید اسماعیل موسوی زنجانی و محقق طباطبایی اشاره کرد. در سال ۱۳۷۳ آیت الله شبیری یکی از هفت مرجعی بودند که پس از درگذشت آیت الله محمدعلی اراکی(ره) از سوی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم معرفی شدند.